2011年度学生実験「構造と機能」(農学部生命化学・工学専修３年生)

• RasMolコマンドカード(pdf形式,ver2.7.4.1)
• RasMolマニュアル(pdf形式,ver2.7.5)
• Windows用RasMol
  1. RasMolのホームページの「RasMol 2.7.5 Windows Installer」からインストーラをダウンロード
  2. できたアイコンをダブルクリックし、指示にしたがってインストールする。
• Windows用RasMolヘルプファイル(RasMolと同じフォルダに置くこと)

PDBデータを扱うためのツール群:

• ２つのPDBデータの配列比較(RCSB版)
• PDBデータからアミノ酸配列を取得する
• PDBデータから２次構造を計算する
• ２つのアミノ酸配列をダイナミックプログラミングでアラインする
• ２つの２次構造列を比較する
• ２つのPDBデータの構造間のRMSD(root mean square deviation)を計算する

関連サイト:

• Protein Data Bank(PDB)
  • 各レコードの説明
• PDBsum (２次データベース)
• PROSITE (配列モチーフデータベース)
• CATH (構造分類データベース)

講義資料:

• 実験講義のレジュメ(pdf)
• 詳細プロトコル・テキスト(pdf)

その他:

• 1EW2のダイマーPDBデータ