生物情報工学・実習

補足説明

00/06/16




Sp1蛋白質について

Sp1蛋白質:
SV40ウイルスのプロモーターに6ヶ所存在するGGGCGGモチーフに結合する転写因子. 多数の遺伝子のG-rich配列に結合する一般的な転写因子で, HeLa細胞には細胞あたり5000〜10000分子存在すると推定されている. cDNAの構造解析から分子量は80Kと算定されたが, 実際は糖鎖が付加されているため90〜100Kである. C末端側に三つのジンクフィンガーモチーフがあり,この領域でDNAに結合する. N末端側に2ヶ所存在するグルタミンに富んだ領域とジンクフィンガーの両側の配列は Sp1による転写活性化に重要である.(岩波生物学辞典)
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データベース間のフォーマットの対応表

各データベースはそれぞれのフォーマット(定義)で情報が記述されています。

表 : 各データフォーマットの対応
GenBankEMBLSWISS-PROTPIRPDB
データのアクセス# ACCESSIONACPrimary accession numberENTRYHEADER
データのタイトル DEFINITIONDEEntry nameTITLETITLE
検索で参照されるキーワード KEYWORDSKWKeywordsKEYWORDSKEYWDS
出典となった論文など REFERENCERNReferenceREFERENCEJRNL
著者名 AUTHORSRA#authors
論文名 TITLERT#title
雑誌名 JOURNALRL#journal
論文のMEDLINE# MEDLINERX#cross-ref
配列情報 ORIGINSQSequence informationSEQUENCESEQRES
他のデータベースでのアクセス# /db_xrefDRCross-reference

※ SWISS-PROTの「View entry in original SWISS-PROT format」では、EMBLと同じフォーマットでデータを参照することができます。
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WindowsNT上でのファイルの保存

保存するに当たってここのファイルの構造は以下のようになっています。

そのまま保存するとns40というディレクトリの下に保存されます。
保存したファイルは[スタート] -[プログラム] -[Windows Home Directory]で見ることができます。

注意: そのままではhtmlファイルとして保存されているので、名前を変更してみましょう。
この場合、拡張子は後で用いるソフトウェアで使いやすいように、拡張子を変更しておきましょう。

  • メモ帳などのテキストエディタで使う場合→「.txt」
  • rasmolで使う場合→「.pdb」
  • netscpaeなどのブラウザソフトで使う場合→「.html」
保存したファイルのファイル名を変更するには、ファイルを選んで[Fn]+2を押します。
GenBankSP1.txtと記入してリターンキーで決定してください。
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生物情報工学研究室