- Q.
- ノロウィルスになったので授業に行けません。
- A(TA関根さん).
- お大事に。
- Q.
-
ArgumentError: wrong number of arguments (0 for 1)
from (irb):27:in `gjp'
from (irb):27
from :0
といわれてgjpがうごきませんでした。
- A(TA関根さん).
-
提出されたプログラムには gjp を呼び出すところが書かれていないのでよくわかりませんが、
引数を付けずに gjp を呼び出してしまっているようです。
適切な引数を付けて呼び出してください。
- Q.
-
アラインメントの表の作り方がよく分からなかった。
A-AとAA-の違いはどうなっているのか？
- A(TA関根さん).
-
「表のあるセルを埋めるに当たって、その上・左・左上の3つのセルだけ見れば良い」
という考え方で順々に表を埋めていきます。
例えば、講義スライド17ページの表において、第2行第3列の空白を埋める状況を考えます。
これはすなわち部分文字列 "A" と "AT" との類似度を求めるということです。
現時点でわかっている情報（表の埋まっているセル）は、
- ""（空文字列）と "AT" の類似度は -4 〔直上のセルを見ればよい〕
- "" と "A" の類似度は -2 〔左上のセルを見ればよい〕
- "A" と "A" の類似度は 2 〔左隣のセルを見ればよい〕
です。それぞれの状態から「"A" と "AT" の比較」に移るには
- "" と "AT" にそれぞれ "A" と "-" を付け加える 〔ギャップを加える〕
- "" と "A" にそれぞれ "A" と "T" を付け加える 〔不一致な文字を加える〕
- "A" と "A" にそれぞれ "-" と "T" を付け加える 〔ギャップを加える〕
というような操作をすることになる訳ですが、ギャップが増えれば類似度は -2 だけ、不一致
な文字を加えれば類似度は -1 だけ変化するので、結局それぞれの類似度は
- (-4) + (-2) = -6
- (-2) + (-1) = -3
- 2 + (-2) = 0
となります。
類似度はそのうち最も良い物（値の大きいもの）を考えればよいので、結局 "A" と "AT" の類
似度は 0 と求まります。
同じ要領で次から次へと表を埋めていけば良いのです。
（そう考えるとスライド14ページの漸化式が得られます）
- Q.
-
[AAAC]と[CAAA]のアラインメントで類似度最大となるのは・・・で、
irb(main):008:0> align_rec("-AAAC","CAAA-")
=> 4
irb(main):009:0> align_rec("AAAC","CAAA")
=> 2
となったのですが、なぜなんでしょうか？align_recは配布プログラムを使いました。
- A(TAの滝瀬さん).
-
これは見たままです。
上の例では「-」は文字と認識して、ギャップ(-2)ではなく不一致(-1)と判断して(+2)*3+(-1)*2=4
講義中はわかりやすくするためにギャップのときに「-」を用いています。
下の例は講義中のスライドで説明した通り２となります。